A baixa médica é uma das situações com que gestores de equipa ou profissionais de recursos humanos têm inevitavelmente de lidar. Foi a pensar neles que preparámos este guia rápido.
Ao longo deste guia vamos explicar o que é uma baixa médica, o que a distingue de um atestado e quem tem direito a obtê-la. Vamos ainda analisar de que modo as equipas de recursos humanos devem gerir as baixas médicas e como o software certo pode facilitar todo o processo.
Tabela de Conteúdos:
- O que é uma baixa médica?
- Diferença entre atestado médico e baixa médica
- Baixa médica em 2026: perguntas e respostas
- Requisitos para solicitar baixa médica
- Como devem os RH gerir as baixas médicas em 2026
O que é uma baixa médica?
A baixa médica é o documento que comprova a incapacidade de um trabalhador de exercer a sua atividade laboral por doença.
O nome técnico é Certificado de Incapacidade Temporária (CIT), e é exigido para que um colaborador possa justificar que não tem condições para trabalhar. É também este certificado que lhe dá direito ao subsídio por doença.
Este documento é emitido pelo médico de família ou num estabelecimento de saúde integrado no Serviço Nacional de Saúde (SNS). É importante destacar que só pode ser aceite quando passado pelas entidades indicadas pela Segurança Social (SS), nomeadamente:
- Centros de Saúde;
- Hospitais;
- Serviços de atendimento permanente;
- Serviços de prevenção e tratamento da toxicodependência.
O CIT pode ainda ser emitido por profissionais de saúde habilitados e registados no sistema nacional de registo clínico (modelo eletrónico). Atualmente a emissão eletrónica (CIT digital) é a via dominante, e inclui médicos do SNS, médicos privados registados no PRVR e outros profissionais autorizados conforme os regulamentos do Ministério da Saúde.
Diferença entre atestado médico e baixa médica
É comum confundirem-se estes dois termos. Contudo, existem diferenças importantes entre ambos, nomeadamente no que diz respeito aos direitos dos trabalhadores em situação de doença.
Tradicionalmente, o atestado é usado para justificar ausências curtas (até 3 dias) e, por norma, não confere direito automático a subsídio por doença. Existem mecanismos digitais (SNS24) para autodeclaração de doença até 3 dias (deve sempre verificar o enquadramento do caso concreto e o regime de proteção social aplicável).
Caso o colaborador tenha de se ausentar do trabalho por mais de 3 dias, o médico deverá emitir um CIT. Este deverá ser apresentado à empresa, e posteriormente à Segurança Social. Nesta situação, o trabalhador tem direito a uma remuneração parcial.
Nos casos de CIT emitido eletronicamente, o documento é disponibilizado ao trabalhador via SNS24 e comunicado automaticamente à Segurança Social (e, quando aplicável, ao empregador), porém o trabalhador deve confirmar o procedimento interno da empresa.
Baixa média em 2026: perguntas e respostas
Sabemos que ainda existem muitas dúvidas sobre a baixa médica em Portugal. Nesta secção iremos esclarecer as mais frequentes:
1) Quem tem direito a baixa médica?
- Trabalhadores por conta de outrem a descontar para a SS, incluindo os trabalhadores ao domicílio;
- Trabalhadores independentes (a recibos verdes ou empresários em nome individual);
- Beneficiários do Seguro Social Voluntário que trabalhem em navios de empresas estrangeiras (trabalhadores marítimos e vigias nacionais) ou que sejam bolseiros de investigação científica;
- Pessoas a receber indemnizações por acidente de trabalho ou doença profissional que estejam a trabalhar e a fazer descontos para a SS;
- Pessoas a receber pensões por acidente de trabalho ou doença profissional desde que estejam a trabalhar e a fazer descontos para a SS;
- Pessoas a receberem pensões de indemnização desde que estejam a trabalhar e a fazer descontos para a SS;
- Beneficiários em situação de pré-reforma que estejam a trabalhar e a descontar para a SS;
- Trabalhadores da área da cultura por conta de outrem (TCO) em regime de contrato de trabalho de muito curta duração, inscritos no Registo dos Profissionais da área da Cultura (RPAC);
- Pensionistas por invalidez ou velhice em exercício de funções públicas desde que não estejam a receber a pensão;
- Trabalhadores pertencentes ao grupo BPN.
2) Qual é o prazo para os recursos humanos receberem uma baixa médica?
Quando a ausência por doença for previsível (por exemplo, uma cirurgia marcada), o trabalhador deve comunicar a baixa com antecedência — a lei indica um prazo de cinco dias nesses casos. Em situações imprevistas, a entrega deverá ser feita assim que possível, justificando o atraso.
A ausência injustificada pode levar a medidas disciplinares, e em casos extremos ao despedimento, mas a aplicação concreta depende do contexto e do cumprimento do processo disciplinar previsto no Código do Trabalho.
3) Qual é o impacto financeiro para a empresa?
O montante a pagar ao colaborador durante a baixa médica está diretamente ligado à duração da sua ausência. Conforme a legislação aplicável, o cálculo dos pagamentos deve ser realizado com base nos seguintes critérios:
| Duração da baixa médica | Valor a receber |
| Até 30 dias | 55% da remuneração de referência |
| De 31 a 90 dias | 60% da remuneração de referência |
| De 91 a 365 dias | 70% da remuneração de referência |
| Mais de 365 dias | 75% da remuneração de referência |
Pode encontrar esta informação, bem como tudo o que esteja relacionado com a baixa médica, na secção Documentação de apoio » Guias Práticos disponível na página da Segurança Social.
4) Como calcular o valor do subsídio por baixa?
Em primeiro lugar é preciso somar todas as remunerações oficialmente registadas junto da Segurança Social. O cálculo usa, em regra, a remuneração de referência calculada com base em 6 dos 8 meses anteriores (conforme a legislação da Segurança Social), mas há especificidades consoante o tipo de contrato e rendimentos (para evitar erros, consulte o guia oficial da SS).
Em segundo lugar, divide-se o valor obtido por 180 (equivalente a 180 dias, ou seja, seis meses). O resultado deste cálculo representa a remuneração de referência (os subsídios de férias e Natal não devem ser incluídos nesse cálculo).
Depois de estabelecer o valor da remuneração de referência, é preciso multiplicá-lo pela percentagem correspondente à duração da doença. Esta pode ser de 55%, 60%, 70% ou 75%. Assim, será possível determinar o montante do subsídio a receber diariamente.
Requisitos para solicitar baixa médica
Existem alguns requisitos legais essenciais que o empregador deve ter em conta na hora de aprovar o direito ao subsídio por incapacidade temporária.
São eles:
- Certificado de Incapacidade Temporária. O trabalhador precisa de apresentar um CIT emitido por um médico, seguindo as diretrizes da Segurança Social ou órgão equivalente.
- Existem requisitos de garantia (períodos mínimos de contribuições) e de atividade (dias trabalhados) que variam consoante o regime do trabalhador. Consulte o guia da Segurança Social para saber as regras aplicáveis ao trabalhador por conta de outrem, trabalhador independente ou regimes convergentes.
- O trabalhador deverá ter exercido funções na empresa durante, pelo menos, 12 dias nos primeiros quatro dos últimos seis meses.
Como devem os recursos humanos gerir as baixas médicas em 2026
Para aumentar a eficiência na gestão de ausências, a implementação de um software de gestão de recursos humanos é a escolha mais inteligente. Além de economizar tempo, esta solução torna o trabalho dos profissionais mais eficiente e reduz a probabilidade de erro.
Com o software de RH da Factorial é possível controlar rapidamente todas as ausências. A partir do Portal do Colaborador, cada funcionário tem autonomia para fazer pedidos de ausências e até efetuar o registo de ponto.
Adicionalmente, é possível armazenar num só lugar toda a documentação dos funcionários, de acordo com as normas legais exigidas Desta forma, estará sempre preparado em caso de inspeções gerais do trabalho à empresa.
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Obrigado Bruna pelo excelente artigo que publicou sobre baixa médica : responde às questões que me preocupavam e a outras que nem sabia formular!!